Il Pilates migliora la tonicità muscolare, con effetti percettibili sin dalle prime settimane di allenamento. La massa muscolare non ne risulta aumentata in modo significativo, come invece accade per altre discipline sportive: il Pilates infatti è una tipologia di ginnastica ottimale soprattutto per la fortificazione del tessuto muscolare magro
Questo risultato è dovuto ai diversi esercizi di allungamento dei muscoli stessi, che ne producono il rafforzamento senza un aumento spropositato della massa. Gli esercizi infatti sono per lo più a corpo libero o con attrezzi (elastici, palla) che lavorano come resistenze, non è previsto infatti nel Pilates l’utilizzo di pesi e soprattutto il loro incremento man mano che ci si allena, pratica che è necessaria per ottenere un aumento della massa muscolare.
I benefici sono dati dai miglioramenti della fluidità dei movimenti e della capacità di coordinazione. Gli esercizi di Pilates infatti rafforzano gli addominali, coinvolgono tutti i gruppi muscolari di gambe braccia e tronco nelle loro funzioni, portano ad un corretto allineamento della colonna vertebrale e si basano sulla consapevolezza del respiro abbinato ai movimenti.
Uno degli obiettivi principali dei movimenti del Pilates è dato dalla tonificazione di tutti i muscoli che confluiscono nel tronco: zona lombare, glutei, adduttori e addome. Gli esercizi che si eseguono a corpo libero, su materassino, devono esser fatti lentamente, morbidamente e con la corretta respirazione: la coordinazione tra respirazione e movimenti, la lentezza e la consapevolezza delle parti del corpo che si sollecitano non solo producono risultati in termini di tonicità ma anche di coordinazione corporea globale.